Les enjeux du territoire du SMBSEIL concernent l’eau et la biodiversité, lesquelles constituent des éléments de patrimoine naturel étroitement liés. L’eau est en effet nécessaire tant en quantité qu’en qualité pour satisfaire, d’une part, les besoins anthropiques (eau domestique, eaux de process industriels, eaux d’irrigation ou d’alimentation du bétail) d’autre part, les besoins des espèces faunistiques et floristiques inféodées aux cours d’eau et zones humides.
Les espèces faunistiques et floristiques sont, en retour, des indicateurs de la qualité de l’eau et des milieux.